Showing posts with label Tài liệu CNSH. Show all posts
Showing posts with label Tài liệu CNSH. Show all posts
no image


Công nghệ nuôi cấy mô & tế bào thực vật - PGS-TSKH Lê Văn Hoàng, Đại Học Đà Nẵng 2008. 
Phần 1. Nuôi cấy tế bào
Chương 1. Giới thiệu chung và lịch sử phát triển
Chương 2. Những khái niệm cơ bản
Chương 3.Thu nhận và nuôi cấy phôi in vitro
Chương 4. Nhân giống vô tính in vitro
Chương 5. Nuôi cấy giao tử, tạo cây đơn bội in vitro
Chương 6. Nuôi cấy tế bào trần
Chương 7. Nuôi cấy tế bào và chọn dòng tế bào
Chương 8. Nuôi cấy mô thực vật và vấn đề làm sạch vi rus ở thực vật
Chương 9. Một số phương pháp canh tác hiện đại

Phần 2. Chuyển gen ở thực vật bậc cao
Chương 1. Mở đầu
Chương 2. Chuyển gen ở thực vật bậc cao
Chương 3. Chuyển gen trong thực tế trồng trọt
TÀI LIỆU THAM KHẢO

Read More →
no image


Giáo trình nuôi cấy mô tế bào thực vật, GS. Trần Văn Minh
MỞ ĐẦU
Phần 1. NUÔI CẤY TẾ BÀO
Chương 1. GIỚI THIỆU CHUNG VÀ LỊCH SỬ PHÁT TRIỂN
1.1. Giới thiệu chung
1.3 Sơ lược các kỹ thuật dùng trong nuôi cấy mô
1.3.1. Nuôi cấy phôi
1.3.2. Nuôi cấy mô và cơ quan tách rời
1.3.3. Nuôi cấy mô phân sinh
1.3.4. Nuôi cấy bao phấn
1.3.5. Nuôi cấy tế bào đơn 

1.3.6. Nuôi cấy protoplast
Chương 2. NHỮNG KHÁI NIỆM CƠ BẢN
2.1. Học thuyết tế bào
2.1.1. Tính toàn thế của tế bào (cell totipotency)
2.1.2. Thể bội và gen
2.1.3.Thể bào tử và thể giao tử
2.1.4. Sinh sản hữu tính và sinh sản vô tính
2.2. Tế bào thực vật
2.2.1. Cấu trúc của tế bào thực vật
2.2.2. Các quá trình chức năng của tế bào
2.3. Thực vật
2.4. Phòng thí nghiệm
2.4.1. Các thiết bị , dụng cụ cần thiết của phòng thí nghiệm nuôi cấy mô
2.4.2. Các thủ tục cơ bản trong phòng thí nghiệm:
2.5. Đảm bảo điều kiện vô trùng
2.5.1. Ý nghĩa của vô trùng trong nuôi cấy mô và tế bào thực vật
2.5.2.Khử trùng
2.6. Môi trường
2.6.1. Thành phần hoá học của các môi trường nuôi cấy mô, tế bào thực vật
2.6.2. Độ pH môi trường
2.6.3. Các tác nhân làm rắn môi trường
2.7. Một số loại môi trường cơ bản
2.8. Một số thuật ngữ cơ bản trong nuôi cấy mô và tế bào thực vật
Chương 3.THU NHẬN VÀ NUÔI CẤY PHÔI IN VITRO
3.1.Phôi soma
3.1.1. Sự phát sinh phôi soma
3.1.2. Thiết lập hệ thống phát sinh phôi đồng nhất và hiệu suất cao
3.2. Tính bất hợp của giao tử trước và sau khi thụ tinh
3.2.1. Tính bất hợp của giao tử trước khi thụ tinh
3.2.2. Tính bất hợp giao tử sau khi thụ tinh
3.3. Thụ phấn in vitro
3.3.1. Phương pháp thụ phấn in vitro
3.3.2. Các nhân tố ảnh hưởng sự hình thành hạt sau khi thụ phấn in vitro
3.3.3. Ứng dụng của thụ phấn in vitro
....................
Read More →
Thiết kế protein và dự đoán de novo protein

Bài chỉ mang tính chất tham khảo và do những gì Nhựt hiểu được từ nhiều nguồn

Theo định nghĩa, việc thiết kế protein là quá trình xây dựng các phân tử protein mới, bằng cách thiết kế một phân tử protein dựa trên các nguyên lý cơ bản nhất, hoặc sửa đổi cấu trúc của một protein đang có, nhằm mục đích:
- Nghiên cứu quá trình lắp ráp của các protein và các nhân tố của chuỗi sơ cấp tham gia vào sự cuộn xoắn, ổn định và thể hiện chức năng của chúng. Các đặc điểm này có thể được khảo sát bằng cách sửa đổi một hoặc nhiều amino acid đặc trưng theo một kiểu đã được định hướng trong protein và quan sát kết quả sau khi sản xuất phiên bản đã được sửa đổi. Thông thường các protein có trình tự tương tự không giống nhau hoàn toàn, tồn tại trong tự nhiên sẽ có các tính chất hơi khác nhau và người ta có thể dựa vào các trình tự khác nhau này để tiến hành những sửa đổi sau đó.
- Sản xuất các phân tử protein ổn định cho một mục đích công nghệ đặc biệt, tuy nhiên các phiên bản được tìm thấy trong tự nhiên không có các tính chất tối ưu cần thiết. Ví dụ: một enzyme có thể được xem như một phần của một quá trình công nghiệp nhưng một điểm đặc trưng của protein, chẳng hạn độ ổn định nhiệt hoặc là độ pH tối ưu cho hoạt tính xúc tác… không thể tương thích với quá trình đó. Các thay đổi amino acid có thể biến đổi enzyme này sao cho nó thực hiện chức năng tốt hơn trong môi trường mới.



Muốn công nghệ hóa một protein cần phải hiểu biết về các nguyên lý cấu trúc của protein đó và đặc điểm của nguyên liệu để thiết kế hợp lý, hoặc sửa đổi các tính chất mong muốn. Hơn nữa, công nghệ này phải có được các công cụ sản xuất và phân tích protein mong muốn. Các công cụ và nguyên lý cơ bản hiện nay đang được phát triển song song.
Việc thiết kế cấu trúc protein có thể tiến hành từ lúc ban đầu hoặc bằng cách làm biến tính trên một cấu trúc protein đã biết và trình tự của nó (hay còn gọi là protein redesign). Việc thiết kế protein hợp lý giúp việc dự đoán trình tự protein sẽ đưa ra những cấu trúc gấp đặc trưng. Những trình tự dự đoán này sau đó có thể được đánh giá bằng thực nghiệm thông qua các phương pháp như tổng hợp peptide, đột biết khu vực có định hướng hay tổng hợp gen nhân tạo.
Dự đoán de novo protein
Trong sinh tin học, việc dự đoán cấu trúc de novo protein đề cập đến quá trình thuật toán mà cấu trúc bậc ba của protein được dự đoán từ chuỗi amino acid bậc một của chúng. Đât là vấn đề nan giải chiếm nhiều thời gian nghiên cứu của các nhà khoa học mà hiện nay vẫn chưa được giải quyết. Ngày nay, một số phương pháp thành công cho phép dự đoán cấu trúc gấp của các vùng protein nhỏ lẻ trong vòng 1,5 angstrom của toàn bộ cấu trúc.
Thiết kế protein de novo là một công việc rất phức tạp. Về nguyên tắc, đối với một protein bất kỳ có n gốc amino acid thì khả năng sẽ có 2× 10n trình tự khác nhau. Các cơ sở dữ liệu về cấu trúc và trình tự protein cho thấy nhiều trình tự có thể được điều chỉnh sự cuộn xoắn tương tự nhau và chúng có thể thực hiện các chức năng tương tự. Vì thế, phương pháp tiếp cận ngược lại để chọn lựa số lần cuộn xoắn thích hợp và sau đó xác định trình tự nào cần thiết để tạo ra sự cuộn xoắn mong muốn và có chức năng liên quan thích hợp hơn. Dahiyat và Mayo (1997) đã mô tả các phương pháp máy tính để thiết kế các trình tự của vùng peptide. Chỉ khi có trình tự peptide thì protein mới có thể được xây dựng hoặc bằng tổng hợp peptide (nếu trình tự có kích thước vừa phải) hoặc bằng tổng hợp gen. Gần đây, các phương pháp khuếch đại PCR để tổng hợp gen thường được sử dụng nhất, để làm đầy và khuếch đại từng phần các oligonucleotide chồng lấp nhau (overlap extension).
Phương pháp de novo đòi hỏi nguồn lực tính toán lớn và do đó chỉ thực hiện đối với các protein tương đối nhỏ. Việc dự đoán cấu trúc protein lớn hơn đòi hỏi những thuật toán tốt hơn cũng như các nguồn lực máy tính mạnh mẽ hơn (như Ble Gene hoặc MDGRAPE-3) hay dự án tính toán phân tán (như Folding@home, Rosetta@home, the Human Proteome Foldin Project hay Nutritious Rice For The World). Mặc dù những rào cản cho việc tính toán rất lớn nhưng những lợi ích tiềm năng của hệ gen cấu trúc (bằng việc thực nghiệm hay dự đoán) cho các ứng dụng y học và thiết kế thuộc làm cho việc dự đoán cấu trúc de novo trở nên đầy hứa hẹn.
Hiện nay, khoảng cách giữa các chuỗi protein đã biến và các cấu trúc protein còn rất lớn. Vào đầu năm 2008, chỉ có khoảng 1% trình tự được liệt kê tại cơ sở dữ liệu UniKProtKB tương ứng với cấu trúc trong Ngân hàng dữ liệu Protein (PDB) và khoảng cách giữa chúng xấp xỉ là năm triệu. Kỹ thuật thực nghiệm để xác định cấu trúc bậc ba đã phải đối mặt với những thách thức quan trong trong khả năng xác định cấu trúc protein. Ví dụ, trong khi X-quang tinh thể học đã thành công trong trong việc kết tinh khoảng 80.000 protein cytosolic, và thành công một phần trong việc kết tinh màng tế bào khoảng 280.
Phương pháp dự đoán cấu trúc de novo protein cố gắng để dự đoán cấu trúc bậc ba từ trình tự acid amin dựa trên những nguyên tắc chung chi phối năng lương gấp protein và khuynh hướng thống kê các đặc tính hình dáng mà cấu trúc tự nhiên yêu cầu, mà không cần sử dụng các mẫu cụ thể. 
Nghiên cứu trong việc dự đoán cấu trúc de novo chủ yếu tập trung trong ba lĩnh vực: 
  • Những protein đại diện có độ phân giải thấp hơn. 
  • Các chức năng năng lương chính xác
  • Phương pháp lấy mẫu hiệu quả.


Chuỗi Amino acid để xác định cấu trúc bậc ba protein
Đã có nhiều bằng chứng ủng hộ cho quan điểm rằng trình tự chuỗi acid amin bậc một chứa tất cả các thông tin cần cho cấu trúc không gian ba chiều tổng thể, điều này đã làm nên ý tưởng cho việc dữ đoán de novo protein là có cơ sở.
  • -         Trước hết, những protein với các chức năng khác nhau luôn luôn có những trình tự amino acid khác nhau.
  • -         Thứ hai, một vài loại bệnh khác nhau ở người như bệnh teo cơ Duchenne, có thể liên kết với việc mất chức năng protein là hậu quả từ việc thay đổi bất thường ở một amino acid nào đó ở cấu trúc bậc một.
  • -         Thứ ba, những protein với các chức năng tương tự nhau trên nhiều loài khác nhau thường có những chuỗi amino acid tương tự nhau. Ví dụ, Ubiquitin là một protein có liên quan đến việc điều chỉnh sự thoái hóa của các protein khác, những chuỗi amino acid của nó gần như là giống nhau ở các loài xa nhau như Drosophila melanogaster và Homo sapiens.
  • -         Thứ tư, thông qua thực nghiệm, người ta có thể suy luận rằng protein xoắn gấp không phải là một quá trình hoàn toàn ngãu nhiên và thông tin cần thiết cho việc xoắn gấp đó cần phải được mã hóa trong cấu trúc bậc một. Cho ví dụ, nếu chúng ta giả định rằng cứ mỗi một amino acid của 100 amino acid chứa trong một polypeptide nhỏ trung bình có thể có tới 10 hình dáng khác nhau, vậy thì sẽ có 10100 hình dạng khác nhau chứa trong một polypeptide, Nếu một hình dáng mất 10-13 giây để xác định thì sẽ mất tới 1017 năm để xác định tất các hình dạng có thể có trong mẫu. Tuy nhiên, các protein được xoắn gấp chính xác trong cơ thể trong khoảng thời gian ngắn trong hầu hết mọi lúc, điều đó có nghĩa rằng quá trình này không thể ngẫu nhiên, vì vậy, nó hoàn toàn có khả năng được mô hình hóa.



Một trong những bằng chứng mạnh mẽ nhất cho giả thiết rằng tất cả các thông tin liên quan đều cần thiết đễ mã hóa cấu trúc bậc ba của protein được tìm thấy trong chuỗi bậc một được chứng minh trong những năm 50 của thế kỷ trước do Christian Anfinsen. Trong một thí nghiệm kinh điển, ông đã cho thấy rằng ribonuclease A có thể bị biến tính hoàn toàn bằng ngâm trong dung dịch ure (để phá vỡ các liên kết kỵ nước bền vững) có sự hiện diện của các tác nhân khử (để tách các liên kết disulfide bền vững). Sau khi loại bỏ protein khỏi môi trướng này, protein tự hồi tính và phục hồi chức năng, chứng minh rằng cấu trúc bậc ba của protein được mã hóa trong cấu trúc chuỗi bậc một. Khi Protein hồi tính ngẫu nhiên thì trên một trăm tái tổ hộ khác nhau của 4 mạch disulfide có thể hình thành. Tuy nhiên, trong đa số trường hợp protein sẽ yêu cầu có sự hiện diện của phân tử chaperons trong tế bào cho việc xoắn gấp hợp lý. Hình dạng tổng thể của protein có thể được mã hóa trong cấu trúc amino acid của nó nhưng sự xoắn gấp có thể dựa trên sự hỗ trợ của chaperons.

Những yêu cầu cho một mô hình de novo protein thành công
Dự đoán cấu trúc de novo thường tiến hành bằng cách hình thành các hình dạng thử nghiệm (mồi) và sau đó lựa chọn dựa trên sự ổn định nhiệt và trạng thái năng lương. Hầu hết các dự đoán thành công sẽ phải có 3 yếu tố sau:
  • Vùng chức năng năng lượng chính xác tương ứng với trạng thái nhiệt ổn định với cấu trúc bản địa của protein 
  • Phương pháp tìm kiếm hiệu quả có khả năng xác định nhanh chống trạng thái năng lương yếu thông qua việc tìm kiếm hình dạng.
  • Khả năng chọn lựa mô hình bản địa từ những cấu trúc mẫu


Hạn chế của dự đoán de novo protein

Hạn chế chính của phương pháp này là thời gian máy tính yêu cầu để xử lý thành công protein. Phương pháp phân tán như Rosetta@home đã cố gắng để cải thiện điều này bằng cách tuyển dụng những nhân viên tình nguyện có thời gian rảnh ở nhà để xử lý dữ liệu. Tuy vẫn thậm chí phải đối mặt với những thách thức ví dụ, phương pháp phân tán được dùng bởi một nhóm các nhà nghiên cứu tại đại học Washington và Viên Y Khoa Howard Hughes để dự đoán cấu trúc bậc ba của protein T0283 từ trình tự amino acid của nó. Trong một thử nghiệm người mù so sánh tính chính xác của kỹ thuật phân tán này với cấu trúc xác định được lưu trong Ngân hàng dữ liệu Protein (PDN), các nhà dự đoán đã đứa ra một kết quả tuyệt vời  so với cấu trúc được lưu trữ, tuy nhiên, thời gian và số lượng máy tính cần thiết cho chiến dạnh này là rất lớn : gần 2 năm trời và khoảng 70000 máy tính tại nhà.
Read More →
no image

I. Ad libitum:

Về bản chất, “ad libitum” đóng vai trò như 1 tính từ.

Thường được dùng để nói về trọng lượng khi được nuôi ăn tự do (“free-feeding” weight) của một động vật, để so sánh với trọng lượng của chúng sau một bữa ăn bị giới hạn hoặc nuôi ăn theo cặp (pair feeding).

Ví dụ: “The rat’s ad libitum weight was about 320 grams”. Về khía cạnh dinh dưỡng học, câu này có nghĩa là con chuột nặng 320 grams sau khi người ta cho phép nó tiếp cận tự do với thức ăn và nước uống, và do đó cho phép nó tự điều hòa (self-regulate) lượng hấp thu (intake) theo nhu cầu sinh học (biological needs) bình thường của nó.

Trong lĩnh vực sinh học, “ad libitum” cũng có thể có nghĩa là thông tin hoặc dữ liệu có được một cách tự phát (spontaneously) mà không có phương pháp đặc biệt nào can thiệp vào.

Trong kê toa (medical prescriptions), các bác sĩ cũng dùng từ viết tắt “ad lib”. Lúc này “ad libitum” đồng nghĩa với “at one’s pleasure, as much as one desires”, để chỉ việc có thể ăn hoặc uống tự do nếu muốn.

Ví dụ: trong suốt đêm bệnh nhân được yêu cầu là không ăn gì cả nhưng có thể uống nước, bác sĩ sẽ viết y lệnh là “Water ad lib.” = Water as desired.

II. De novo synthesis:

De novo trong tiếng Latin, có nghĩa là “from the new”, “anew”, “from scratch”, “from the beginning”.

De novo synthesis có nghĩa là sự tổng hợp mới các phân tử phức tạp từ những phân tử đơn giản, như đường hay amino acids, trái nghĩa với sự tái tạo lại chúng (recycling) sau quá trình thoái giáng một phần (partial degradation).

Ví dụ: Formate và aspartate là những nucleotides không cần thiết trong khẩu phần ăn vì chúng có thể được cấu tạo từ những phân tử tiền chất nhỏ (small precursor molecules). Trong khi đó, methionine, cần phải có trong chế độ ăn vì nó không thể được tổng hợp mới (cannot be synthesized de novo) từ các phân tử tiền chất mà chỉ có thể bị thoái giáng và sau đó tái tạo lại từ homocysteine.

De novo synthesis cũng được dùng trong sự sao chép DNA (DNA replication) để chỉ sự tổng hợp mới một đoạn mồi từ DNA primase. DNA primase là một dạng của RNA polymerase, nó gắn với DNA helicase tạo một phức hợp gọi là primosome. Primase được hoạt hóa bởi DNA helicase mà tại đó nó tổng hợp một đoạn mồi RNA primer ngắn cho chuỗi làm khuôn mẫu, nhờ đó những nucleotides mới có thể được thêm vào bởi DNA polymerase và hoàn tất quá trình sao chép. Primase đóng vai trò quan trọng trong sự sao chép DNA vì tất cả DNA polymerase hiện được biết đều không thể tạo đoạn mồi, do đó cần phải có primase để tạo đoạn mồi mới (add the primer de novo).

 hinh 2 1 500x317 LATIN BIOLOGICAL PHRASES

III. Ex vivo:

Ex vivo (“out of the living”) để chỉ những sự việc xảy ra bên ngoài cơ thể sống. Trong khoa học, ex vivo đề cập đến những thử nghiệm (experimentation) hoặc phép đo (measurements) được thực hiện trong hoặc trên mô sống tách ra từ một cá thể sinh vật, trong một môi trường ngoại cảnh với sự thay đổi tối thiểu so với môi trường tự nhiên bên trong cơ thể. Thử nghiệm ex vivo trên những tế bào hoặc mô sống cho phép chúng ta kiểm soát và chủ động nhiều hơn so với thử nghiệm trong cơ thể sống (in vivo experiments).

Lợi ích chính của việc sử dụng các mô ex vivo là khả năng thực hiện các test và phép đo mà bình thường không thực hiện được vì không thể hoặc vì vấn đề đạo đức trên các cơ thể sống. Mô có thể được lấy đi bằng nhiều cách, bao gồm tách một phần, toàn cơ quan, hoặc thậm chí là hệ cơ quan.

Thuật ngữ ex vivo có nghĩa là các mẫu cần test được lấy từ sinh vật sống, ví dụ trường hợp của các tế bào ung thư lấy từ một mẫu máu, sau đó phát triển để tạo ra một mẫu chứng (control sample) và số lượng mẫu chứng tương ứng với số lượng test. Thuật ngữ in vitro (“within the glass”) nghĩa là các mẫu cần test được thu từ một kho lưu trữ, ví dụ trường hợp của các tế bào ung thư, một dòng tế bào sẽ tạo ra kết quả có lợi, sau đó phát triển để tạo ra một mẫu chứng và số lượng mẫu chứng tương ứng với số lượng test. Hai thuật ngữ này không đồng nghĩa mặc dù việc thử nghiệm trong cả hai trường hợp là “within the glass”. Các kết quả của ex vivo chỉ áp dụng được cho các sinh vật đã cho các tế bào để test, trong khi các kết quả của in vitro chỉ áp dụng cho dòng tế bào được sử dụng.

Trong sinh học tế bào, thủ thuật ex vivo thường liên quan đến các tế bào hoặc các mô sống lấy từ một sinh vật và nuôi cấy trong các thiết bị phòng thí nghiệm, thường trong điều kiện vô trùng và không có sự can thiệp nào trong 24 giờ để có được các tế bào đầy đủ cho các thử nghiệm. Thử nghiệm thường bắt đầu sau khi ủ 24 giờ, sử dụng tế bào hay mô sống từ các sinh vật tương tự vẫn được coi là ex vivo.

IV. In vitro:

Nghiên cứu in vitro (tiếng Latin: “in glass”) trong sinh học thực nghiệm là những nghiên cứu được tiến hành bằng cách sử dụng các thành phần (components) của một sinh vật đã được phân lập khỏi môi trường sinh học bình thường (usual biological surroundings) của chúng, nhằm cho phép phân tích chi tiết hơn hoặc thuận tiện hơn so với khi thực hiện phân tích toàn bộ sinh vật. Thông thường, những thí nghiệm này thường được gọi là “thí nghiệm trong ống nghiệm” (test tube experiments). Ngược lại, nghiên cứu in vivo là những nghiên cứu được tiến hành với các sinh vật sống trong trạng thái nguyên vẹn bình thường của chúng (normal intact state), trong khi nghiên cứu ex vivo là các nghiên cứu được tiến hành trên các cơ quan vẫn còn chức năng (functional organs) đã được loại bỏ khỏi cơ thể còn nguyên vẹn (intact organism).

Các ví dụ phổ biến về thử nghiệm in vitro bao gồm việc sử dụng:

(a) các tế bào có nguồn gốc từ sinh vật đa bào (multicellular organisms) (nuôi cấy tế bào hoặc nuôi cấy mô (cell culture or tissue culture))

(b) các thành phần dưới mức tế bào (ví dụ như ty thể (mitochondria) hoặc ribosomes)

(c) các chiết xuất từ tế bào hoặc dưới mức tế bào (ví dụ như mầm lúa mì hoặc chiết xuất hồng cầu lưới)

(d) các phân tử tinh khiết trong ống nghiệm (thường là protein, DNA, RNA hoặc riêng biệt hoặc kết hợp).

Ví dụ thực tế:

-Phản ứng PCR (Polymerase chain reaction) là một phương pháp để sao chép có chọn lọc (selective replication) các trình tự DNA và RNA cụ thể trong ống nghiệm.

-Sự thanh lọc protein (protein purification) bao gồm việc tách một protein đặc biệt mà chúng ta quan tâm khỏi hỗn hợp protein phức tạp, thường là lấy từ những tế bào hoặc mô đồng nhất (homogenized cells or tissues).

-Thụ tinh trong ống nghiệm (in vitro fertilization) cho phép tinh trùng (spermatozoa) thụ tinh với trứng trong một đĩa cấy (culture dish) trước khi cấy phôi (embryo) thu được vào trong tử cung của người mẹ.

-Chẩn đoán trong ống nghiệm (in vitro diagnostics) đề cập đến một loạt các test phòng thí nghiệm về y tế hoặc thú y (medical and veterinary laboratory tests) được sử dụng để chẩn đoán bệnh và theo dõi tình trạng lâm sàng (clinical status) của bệnh nhân bằng cách sử dụng các mẫu máu, tế bào hoặc mô khác lấy từ bệnh nhân.

       hinh 1 1 500x317 LATIN BIOLOGICAL PHRASES

In vitro fertilization

V. In vivo

In vivo (tiếng Latin: “within the living”) là thử nghiệm sử dụng toàn bộ cơ thể sống, khác với chỉ dùng một bộ phận của sinh vật sống hoặc dùng sinh vật chết, và cũng khác với môi trường in vitro (“within the glass”, có nghĩa là trong ống nghiệm hoặc đĩa petri). Thử nghiệm trên động vật (animal testing) và thử nghiệm lâm sàng (clinical trials) là 2 dạng của nghiên cứu in vivo. Thử nghiệm in vivo thường được dùng hơn so với in vitro bởi vì nó cho phép quan sát các tác động tổng thể của một thí nghiệm trên một cơ thể sống.

VI. In situ

In situ (tiếng Latin: “in position”) có nhiều nghĩa khác nhau tùy thuộc vào ngữ cảnh.

Trong sinh học và kỹ thuật y sinh (biomedical engineering), in situ có nghĩa là kiểm tra một hiện tượng (phenomenon) chính xác tại nơi nó xảy ra, tức là không di chuyển nó đến môi trường khác.

Ví dụ khi quan sát một động vật sống , có nghĩa là sinh vật này được quan sát và chụp ảnh trong môi trường hoang dã, chính xác tại nơi nó được tìm thấy chứ không phải là chuyển đến một vị trí khác (có thể thuận tiện hơn) như một hồ cá chẳng hạn.

Cụm từ in situ khi được sử dụng trong phòng thí nghiệm có thể mang nghĩa là một cái gì đó trung gian giữa in vivo và in vitro. Ví dụ, nghiên cứu một tế bào trong một cơ quan còn nguyên vẹn trong cơ thể và vẫn còn được tưới máu (perfusion) là một nghiên cứu in situ. Nó không được gọi là in vivo vì chúng ta chỉ xem xét một tế bào chứ không phải toàn bộ cơ thể, cũng không được gọi là in vitro vì chúng ta không phải chỉ làm việc với một mình tế bào đó.

Thử nghiệm in vitro là một trong những nỗ lực đầu tiên để phân tích số lượng và chất lượng các biến cố thực hiện trong phòng thí nghiệm . Tuy nhiên, hạn chế của thử nghiệm in vitro là chúng không được tiến hành trong môi trường tự nhiên . Để bù đắp cho bất lợi này, thử nghiệm in vivo cho phép thực hiện trong sinh vật sống hoặc môi trường tự nhiên. Làm trung gian, thử nghiệm in situ kết hợp lợi thế của in vivo là tiến hành trong môi trường tự nhiên của cơ thể và lợi thế của in vitro là người thực hiện có thể kiểm soát tốt quá trình làm thử nghiệm.

Trong y học, đặc biệt là ung thư học (oncology), ví dụ carcinoma, in situ có nghĩa là những tế bào ác tính hiện diện trong khối u (tumor), nằm dưới màng nền (basement membrane) tại nơi mà khối u được phát hiện, nhưng chưa di căn (metastasize) hay xâm lấn.

Đối với điều dưỡng học, in situ để chỉ những thiết bị được đặt trên cơ thể bệnh nhân tại vị trí tối ưu hoặc tại vị trí mà người bệnh mong muốn.

VII. In utero:

In utero (tiếng Latin: “in the womb”, “in the uterus”). Trong sinh học, cụm từ này mô tả tình trạng của một phôi (embryo) hoặc bào thai (fetus). Trong ngữ cảnh luật pháp, in utero đề cập đến trẻ em chưa được sinh ra (unborn children).

VIII. In silico:

Trong sinh học, in silico (tiếng Latin) có nghĩa là “performed on computer or via computer simulation“, được thực hiện trên máy tính hoặc thông qua sự mô phỏng trên máy tính.

Về genetics, trình tự gene kỹ thuật số (trên máy tính) (digital genetic sequences) thu được từ trình tự DNA có thể được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu trình tự (sequence databases), được phân tích, được thay đổi bằng kỹ thuật số và/hoặc được sử dụng như khuôn mẫu để tạo ra chuỗi DNA mới sử dụng cho việc tổng hợp gene nhân tạo.

Công nghệ mô hình dựa trên máy tính in silico có thể được áp dụng vào:

-Phân tích toàn bộ tế bào của các chủ thể prokaryote và eukaryote như E. coli, B. subtilis, nấm men, CHO- hoặc các dòng tế bào của con người…

-Thiết kế protein

Trong y học, người ta còn gọi là “in silico medicine”, hay “computational medicine”, là việc sử dụng trực tiếp các mô phỏng máy tính (computer simulation) trong chẩn đoán, điều trị và dự phòng một bệnh. Cụ thể hơn, in silico medicine ám chỉ việc mô hình hóa (modelling), mô phỏng (simulation) và trực quan (visualisation) những quá trình sinh học và y học trên máy tính.

IX. In natura:

In natura (tiếng Latin, “in nature”) là một cụm từ để mô tả những điều kiện có trong một môi trường không phải phòng thí nghiệm (non-laboratory environment), để phân biệt với môi trường in vivo (thử nghiệm trên cơ thể sống trong phòng thí nghiệm) và môi trường ex vivo (thử nghiệm trên tế bào cấy và phân lập khỏi cơ thể đa bào).

X. In papyro:

In papyro đề cập đến các thử nghiệm hoặc nghiên cứu chỉ thực hiện trên giấy. Ví dụ, thuật ngữ này có thể được áp dụng cho các nghiên cứu dịch tễ học không cần đến các đối tượng lâm sàng (clinical subjects).

Nguồn: AnhVanYKhoa.Com

Read More →
no image

Chào các bạn!
Hôm nay mình xin chia sẻ với các bạn 1 file pdf từ điển THUẬT NGỮ SINH HỌC ANH VIỆT của các tác giả MAI ĐÌNH YÊN, VŨ VĂN VỤ,LÊ ĐÌNH LƯƠNG.
Đây là file rất bổ ích và thích hợp theo ngành Sinh học và các ngành liên quan!. Mình cũng thường tra cứu từ điển này cho mỗi lần dịch bài và tìm kiếm thông tin!

Link:
DOWNLOAD
Read More →
Kỹ thuật kháng sinh đồ - Phạm Thái Bình


Tác giả: Phạm Thái Bình

Sơ lược: 
 - Thông số của kháng sinh
- Kháng sinh đồ bằng phương pháp xác định MIC
- Khánng sinh đồ bằng phương pháp đĩa kháng sinh
- Một số kháng sinh đồ đặc biệt
- Vấn đề chọn kháng sinh thực hiện kháng sinh đồ
- ß-Lactamase
- ß-Lactamase phổ rộng

DOWNLOAD
Read More →

Copyright © All Rights Reserved / Designed By: Templatezy | Blogger Templates